Rekordowa przestronność kabiny Citroëna C3 Picasso w żaden sposób nie ogranicza wymiarów i pojemności bagażnika, które wynoszą:
- 2,41 m długości ładunkowej po złożeniu do pozycji stolika oparcia fotela pasażera z przodu;
- 1500 l objętości po złożeniu kanapy;
- 385 l pojemności w pozycji normalnej i nawet do 500 l po przesunięciu kanapy maksymalnie do przodu.
 

Citroën C3 Picasso zaopatrzony jest w pomysłową podłogę bagażnika, którą bez konieczności skomplikowanego odblokowywania czy odkręcania, ustawić można w 2 pozycjach:
- w pozycji wysokiej gwarantuje zupełnie płaską podłogę przestrzeni ładunkowej;
- w pozycji niskiej znacząco zwiększa pojemność ładunkową.

Wyposażenie wybranych wersji Citroëna C3 Picasso obejmuje dodatkowo prześwit na narty, starannie wkomponowany za stolikiem z uchwytami na kubki, który idealnie sprawdza się przy transporcie długich przedmiotów.

Niezależnie od pozycji siedzisk, trzyczęściowa półka osłaniająca bagaż pozwala ukryć zawartość bagażnika przed ciekawskimi spojrzeniami z zewnątrz.
W razie potrzeby, istnieje możliwość schowania półki w głębi bagażnika Citroëna C3 Picasso, pod jego ruchomą podłogą ustawioną w pozycji wysokiej.

W bagażniku Citroëna C3 Picasso umieszczona jest przenośna lampka, która:
- w swoim mocowaniu, stanowi dodatkowe źródło światła;
- po wyjęciu z mocowania, w którym się ładuje, służyć może jako latarka funkcjonująca niezależnie przez 45 minut.