Struktura nadwozia Citroëna C6 zapewnia doskonałą ochronę wszystkim pasażerom (5 gwiazdek w testach zderzeniowych EuroNCAP):
- cechuje się większą sztywnością zgniotu dla lepszej ochrony pasażerów w momencie zderzenia czołowego przy dużej prędkości;
- dysponuje dwoma kanałami przekazu siły zderzenia z przodu, tak aby w przypadku kolizji rozproszyć energię zderzenia i chronić wnętrze kabiny.

System aktywnej pokrywy silnika czyni z Citroëna C6 najbezpieczniejszy samochód w zakresie ochrony pieszych (maksymalna liczba gwiazdek w tej kategorii na testach EuroNCAP) :
- zapobiega zderzeniu głowy i ramion pieszego z silnikiem;
- minimalizuje konsekwencje wypadku dla pieszego, pełniąc rolę amortyzatora;
- w momencie zderzenia aktywuje on mechanizm pirotechniczny, który podnosi pokrywę o 65 mm w czasie 40 ms.

Dwufunkcyjne ksenonowe reflektory kierunkowe zwiększają bezpieczeństwo użytkowników Citroëna C6, gwarantując podczas jazdy nocą i w złych warunkach atmosferycznych widoczność na najwyższym poziomie:
- ograniczają zmęczenie wzroku w nocy, dzięki białej barwie wiązki światła;
- emitują dwa razy intensywniejszy strumień światła niż reflektory halogenowe;
- sprzężone są ze światłami dziennymi, które czynią samochód lepiej widocznym na drodze;
- podążają za kierunkiem skrętu samochodu i umożliwiają wcześniejsze zapoznanie się z profilem drogi.

Citroën C6 dysponuje dziewięcioma poduszkami powietrznymi, które zapewniają optymalną ochronę wszystkim pasażerom:
- dwiema poduszkami czołowymi, które dostosowują ciśnienie i objętość do siły zderzenia;
- dwiema kurtynami powietrznymi chroniącymi głowy pasażerów z przodu i z tyłu;
- poduszką chroniącą kolana kierowcy;
- czterema poduszkami bocznymi, które chronią klatkę piersiową i brzuch każdego pasażera.

Citroën C6 dysponuje aktywnymi zagłówkami na miejscach przednich. W przypadku zderzenia tylnego, mechanizm automatycznie zbliża zagłówek do karku pasażera, ograniczając w ten sposób ryzyko urazów kręgów szyjnych.

Citroën C6 wyposażony jest w innowacyjny i kompletny zestaw systemów gwarantujących skuteczne hamowanie:
- cztery wentylowane hamulce tarczowe o dużej średnicy;
- elektroniczny rozdzielacz siły hamowania (EBD), który optymalnie rozdziela moc hamowania przekazywaną na koła;
- ABS (Anti Blocking System), który automatycznie reguluje ciśnienie w układzie hamulcowym, aby zapobiec blokadzie kół;
- system wspomagania nagłego hamowania (BAS), który zapewnia natychmiastowe zwiększenie ciśnienia w układzie hamulcowym w momencie gwałtownego i intensywnego dociśnięcia pedału hamulca.

ESP (Electronic Stability System) zapewnia optymalną kontrolę nad pojazdem w niebezpiecznych sytuacjach:
- sprzężony jest z systemem kontroli poślizgu kół (ASR), który w przypadku poślizgu natychmiast redukuje nadwyżkę mocy przekazywanej na koła napędowe;
- stabilizuje tor jazdy samochodu w przypadku utraty przyczepności na zakręcie, oddziałując na hamulce i obroty silnika.

Alarm niezamierzonego przekroczenia linii (AFIL) zapobiega ryzyku zaśnięcia za kierownicą.
Po aktywacji, dzięki czujnikom zlokalizowanym pod nadwoziem, wykrywa każdą niezamierzoną zmianę toru jazdy i ostrzega o tym fakcie kierowcę za pomocą sygnału dźwiękowego oraz wibracji emitowanych w jego siedzisku.